La diversità di ambienti, che spaziano dal mare alle montagne, ha determinato una notevole varietà di associazioni faunistiche.
Il mare ospita comunità molto diversificate da quelle dei fondali sabbiosi a quelle rocciose, con vaste estensioni di popolazioni legate alle praterie di Posidonia.
Lungo la costa, la diffusa urbanizzazione, determina comunità faunistiche fortemente legate alle città e alla presenza umana, ma restano importanti spazi naturali, dove vivono popolazioni faunistiche legate alle coste rocciose e agli ambienti costieri dunali.
La costa è anche molto importante per la migrazione degli uccelli. Le aree collinari sono caratterizzate da comunità che si insediano tra i mosaici di aree a vegetazione naturale e agricole, sfruttando anche i pascoli e i campi agricoli abbandonati.
Più in montagna le estese foreste sono l’habitat per comunità di grande interesse naturalistico legate a queste formazioni vegetazionali, mentre le praterie di altitudine, mantenute dall’attività della pastorizia e del pascolo bovino, ospitano una biodiversità particolarmente elevata.
Anche se il mezzogiorno d'Italia non è caratterizzato da elevati livelli di specie endemiche, la Campania ospita diversi endemiti dell’appennino, così come esclusivi di questa regione.